Née au Japon, Ezko Kikoutchi étudie l'orgue avec Tetsuro Tominaga, Koichiro Hayashi, Takuo Shimura et Yumyo Katsuki. Elle étudie également le piano, la musique vocale, le chant grégorien, l'harmonie et le contrepoint au St. Catherine Women's Junior College (Japon). Elle y obtient son diplôme de professeure de musique. Elle est également sélectionnée pour le concert des jeunes organistes de Musashino, une ville de la Préfecture de Tokyo.

Ezko Kikoutchi s'établit en Suisse en 1997 pour y étudier l'orgue à la Haute École de Musique de Lausanne, dans la classe de Keï Koito. Elle y obtient son diplôme de virtuosité, ainsi que le premier prix accompagné des félicitations du jury. En tant qu'organiste, elle se perfectionne avec Andrzej Bialko à Cracovie et Francis Jacob à Strasbourg. De 1998 à 2005, elle est organiste titulaire de la paroisse de Bellevaux - Saint-Luc à Lausanne. Depuis 2001, elle est organiste titulaire de la paroisse d’Ecublens - Saint-Sulpice (Vaud). En 2024, elle a été nommée organiste co-titulaire de la paroisse de Vaulion-Romainmôtier.

À la Haute Ecole de Musique de Lausanne, elle suit les cours de composition, d'analyse musicale et d'orchestration de William Blank. En 2006, elle obtient un diplôme d'enseignement des branches théoriques.

Depuis 2008, Ezko Kikoutchi étudie la composition à la Haute école des arts de Berne, dans la classe d'Eric Gaudibert et de Xavier Dayer. Elle y clôt la première partie de ses études avec un Bachelor, en 2010. Elle suit également des cours de théâtre musical avec Françoise Rivalland et participe à des Masterclasses avec Klaus Huber, Vinko Globokar et William Blank.

Son premier concerto pour flûte à bec Paetzold est joué en juillet 2011 par la soliste Céline Herrero, dans le cadre du Diplomkonzert der Studierenden im Master of Arts in Specialized Music Performance de la Haute école des arts de Berne, avec l'Orchestre symphonique de Berne. 

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En 2012, Ezko Kikoutchi obtient la bourgeoisie d’Ecublens (Vaud) puis la nationalité suisse. Cette même année, l'Office fédéral de la culture soutient un de ses projets et elle obtient un Master of Arts HEAB in Composition and Theory à la Haute école des arts de Berne, dans la classe de Xavier Dayer. Après ses études, elle bénéficie des conseils des compositeurs José María Sánchez-Verdú et Nadir Vassena.

Elle reçoit des commandes de composition d'œuvres et elle collabore notamment avec l’Association Suisse des Musiciens, l’Association du Concours Nicati, l’ensemble Proton Bern, le Lucerne Festival Alumni, le NEC - Nouvel Ensemble Contemporain de la Chaux-de-Fonds, l’Ensemble Inverspace de Bâle, l’Orchestre de la Suisse italienne, l’Association Usinesonore, le collectif We Spoke et l’Ensemble Contrechamps de Genève, le trio Saeitenwind, le Fx Kollektiv, Le Féstival Rümlingen, l’Association de des organites Romands et le trio Accanto.

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Elle a été sélectionnée pour créer une nouvelle pièce au Lucerne Festival 2016 avec l’Ensemble Lucerne Festival Alumni. 

En 2020, elle signe le nouvel habillage sonore d'Espace 2, véritable identité musicale de la radio classique de la RTS (Radio Télévision Suisse) jusq’en 2025.

En 2024, elle crée une nouvelle pièce pour le 60e anniversaire des Concerts de Romainmôtier.